Ich meine, man kann den "My Clipboard" - File nur am PC bearbeiten. Also, den Kindle per USB an den PC anschließen, den File auf den PC ziehen, löschen, was Du löschen willst und dann wieder zurück kopieren. Auf die Art kann man übrigens auch Zitate aus dem Buch kopieren. Markieren, dann sind sie im Clipboard-File und dann auf den PC kopieren, dann hat man eine Textdatei, die man beliebig bearbeiten kann.
Aber warum setzt Du überhaupt Lesezeichen? Der Kindle merkt sich doch, wo Du zuletzt warst. Ich glaube, ich habe noch nie ein Lesezeichen gesetzt. Wenn ich etwas schnell wiederfinden will, markiere ich es,start ein Lesezeichen zu setzen. Und die letzte Stelle merkt er such ja und öffnet das Buch dort.
Ich setze Lesezeichen z. B. für Leserunden, um die Abschnitte zu markieren.
Ich lösche "Mein Clippboard" einfach immer, wenn es auf der Hauptseite auftaucht: lange drücken bis das Menü sich öffnet und dann auf Dokument löschen.
Ja, das mache ich auch, Clipboard regelmäßig löschen.
An Leserunden hatte ich gar nicht gedacht, bin seit Jahren bei keiner mehr dabei gewesen. Aber gute Idee.
Danke für den Tipp, werde das gleich mal ausprobieren!! 
Bin ja noch "neu" beim Thema Kindle und muss noch einiges ausprobieren..... 