Hingehen, nachfragen und noch mal erläutern lassen. Die Erläuterung der Genehmigung ist übrigens kostenlos. Komisch ist nur, dass sie dazu im Vorbescheid keine Begründung geliefert haben.
Vielleicht erkennt auch der Architekt, warum sie die Garage versetzt haben. Falls es einen B-Plan gibt, könnten da neben den überbaubaren Grundstücksflächen auch Baulinien und Baugrenzen eingezeichnet sein. Baugrenzen kann man unterschreiten, bei Baulinien wird das schwieriger. Die Baulinien sind meistens zwingend.
Ich würde aber immer fragen, ob Ausnahmen oder Befreiungen von den Festsetzungen des B-Plans denkbar sind und wie aussichtsreich so ein Antrag ist. Das ist von Gemeinde zu Gemeinde verschieden. Manchmal entscheiden die Bauämter über solche Ausnahmen oder Befreiungen, aber in manchen Kommunen - besonders in kleinen - befasst sich auch schon mal ein Ausschuss, also die Politik mit so einem Kinderkram.
Wenn der Architekt die Gemeinde kennt und schon öfter mit denen zusammen gearbeitet hat, kann er das vielleicht auch schon einschätzen.
Eine Bauvoranfrage entscheidet übrigens schon bindend über die planungsrechtliche Zulässigkeit eines Bauvorhabens. Sie kann damit also auch schon einen Teil der späteren Genehmigung regeln, macht die Baugenehmigung aber nicht entbehrlich.